SISTEM PERSEKOLAHAN
Sistem Pembelajaran
Waktu pembelajaran rasmi di MTAQ bermula pada jam 7.30 pagi hingga jam 2.30 petang yang dibahagikan kepada dua sesi, iaitu sesi hafazan al-Quran dan sesi pembelajaran akademik sebagaimana berikut:
| Masa | Aktiviti Pembelajaran |
| 7.30 pagi hingga 9.00 pagi | Sesi Tasmik Hafazan 1 Muka Surat & Murajaah Hafazan Baru 1 Juzuk |
| 9.00 pagi hingga 10.30 pagi | Sesi Pembelajaran Akademik |
| 10.30 pagi hingga 11.00 pagi | Rehat |
| 11.00 pagi hingga 12.00 tengahari | Sesi Murajaah Hafazan Lama 2 Juzuk |
| 12.00 tengah hari hingga 2.30 petang | Sesi Pembelajaran Akademik |
Sesi pengajian tahfiz tambahan adalah sebagaimana berikut:
| Hari | Masa | Aktiviti |
| Sabtu hingga Rabu | 8.00 malam – 10.00 malam | Sesi Hafazan Al-Quran 1 Muka Surat & Murajaah Hafazan Lama 1 Juzuk |
| Jumaat dan Sabtu | 8.00 pagi – 10.00 pagi | Sesi Tasmik Hafazan 1 Muka Surat & Murajaah Hafazan Baru 1 Juzuk |
| Cuti Umum | 8.00 pagi – 10.00 pagi | Sesi Tasmik Hafazan 1 Muka Surat & Murajaah Hafazan Baru 1 Juzuk |
Kurikulum
Buku-buku teks dan sukatan pelajaran di MTAQ berdasarkan sukatan yang telah ditetapkan oleh Yayasan Islam Kelantan. Sukatan pelajaran al-Quran dan Qiraat berdasarkan kurikulum Maahad Qiraat Al-Azhar Mesir, sukatan pelajaran Arab dan Agama berdasarkan kurikulum Maahad Bo’uth Al-Azhar, Mesir dan sukatan pelajaran akademik berdasarkan kurikulum Kementerian Pelajaran Malaysia.
Sistem Peperiksaan
Para Pelajar MTAQ menduduki peperiksaan yang dikendalikan oleh Lembaga Peperiksaan YIK dan Lembaga Peperiksaan Malaysia sebagaimana berikut:
| Peperiksaan | Ting. | Anjuran |
| Sijil Menengah Tahfiz Al-Quran (SMTQ) | 4 | Lembaga Pep. YIK |
| Sijil Pelajaran Malaysia (SPM) | 5 | Lembaga Pep. Malaysia |
| Sijil Tinggi Tahfiz Al-Quran Wal Qiraat (STTQ) | 6 | Lembaga Pep. YIK |
| Sijil Tinggi Agama Malaysia (STAM) | 6 | Lembaga Pep. Malaysia |
Peluang Melanjutkan Pengajian
Antara keistimewaan MTAQ ialah para pelajar berpeluang menyambung pengajian ke mana-mana Institusi Pengajian Tinggi (IPTA/IPTS) dalam dan luar negara dalam bidang agama mahupun bidang profesional sebagaimana berikut:
| Sijil | Institusi |
| SMTQ (Ting. 4) | Pusat Pengajian Pondok YIK, Bachok, Kelantan |
| SPM (Ting. 5) | IPTA/IPTS tempatan seperti UM, UIAM, UKM, UniSZA, UiTM, USIM, MIAT dan lain-lain. Universiti Luar Negara seperti Arab Saudi, Jordan, Morocco, Syria, Australia, New Zealand, Perancis, Amerika Syarikat, United Kingdom, Indonesia dan lain-lain. |
| STTQ (Ting. 6) | Maahad Qiraat Al-Azhar, Shoubra, Mesir dan Universiti Islam Madinah |
| STAM (Ting. 6) | IPTA/IPTS tempatan seperti UM, UIAM, UKM, UniSZA, USIM dan lain-lain. Universiti Timur Tengah seperti Al-Azhar, Madinah, Mekah, Jordan dan lain-lain |